La différence la plus essentielle entre le roman et l’animé, c’est qu’Annette et Lucien ne sont pas amis avant l’accident. L’un considérant l’autre comme « stupide » et inversement. « I hate Annette (Je déteste Annette)» ne manque pas de dire Lucien au tout début du livre. Cette différence est majeure car l’accident que provoque Julien ne brise pas l’amitié des deux enfants. Au contraire, la réconciliation finale fait naître chez eux un sentiment de proximité qui n'existait pas avant.
La seconde différence fondamentale, c'est la morale de l'histoire. Dans l'animé, le réalisme est ce qui dirige le comportement de tous les personnages. L'objectif est de mêler le téléspectateur à l'histoire en lui faisant ressentir entr'autres les regrets d'Annette, la souffrance de Denis et le déchirement psychologique de Julien. Dans le roman au contraire, il s'agit pour l'auteur de faire passer un message religieux. De ce fait, de nombreux passages citent la Bible, les personnages secondaires transmettent un message chrétien et la conclusion finale est qu'Annette et Lucien ont réussi à ouvrir leur coeur à Dieu et à en comprendre son message. Kôzô Kusuba, le réalisateur de la série explique dans l'interview accordé à Chiba Kaori pour les très beaux Meisaku Memorial Book que le thème du livre de St John était trop religieux, et qu'il était nécessaire pour que le spectateur japonais s'identifie de donner un sens plus universel.
Les différences mineures
Annette est différente physiquement. Elle est blonde et a de longues tresses comme l'Annette du film de 1980.
Lucien n'est aimé par personne dans le roman. Il est décrit comme un garçon détestable par tout le monde, même si ce n'est pas forcément le cas.
Denis appelle sa soeur Nette. Contrairement à l'animé, il finit par aller à l'école lorsque son père décide de payer deux garçons pour le transporter.
Claude Martha n’est pas dans le roman la tante, mais la grand-mère d’Annette et de Denis. Elle a des rhumatismes comme dans l’animé mais une vue bien moins bonne. Elle a aussi aux alentours de 80 ans, ce qui est bien plus que dans la série.
Noël n’est pas une hermine des montagnes, mais un chaton, ce qui fait qu’à la fin du livre, ce sont des bébés chattons qui naissent. Cette différence a sans doute été ajouté par folklorisme. Une hermine dont le teint varie en fonction des saisons étant plus original qu'un chaton.
La sœur de Julien n’est pas comme dans l’animé, une soeur compréhensive, attentionnée et rigoureuse envers son frère. Au contraire, elle ne l’aime pas.
Le maître d’école ne s’appelle pas Monsieur Nicolas mais Sam. Il est aussi un vieil ami du père d’Annette ce qui n'est pas le cas dans le dessin animé. Il y a par contre une grande différence dans son rapport avec Lucien. Il fait en effet un discours dans la classe qui vise à le critiquer sévèrement. Il le qualifie de « lâche » et d’exemple à ne pas suivre. Alors que dans la série, le maître ne prend pas cette initiative considérant sans doute que la chose relève de la sphère privée.
Franz n'existe pas dans le roman original.
Dans le livre, Monsieur Péguin n’a pas de nom. De plus, il raconte la raison de sa venue dans le village de Rossinière. Le chalet où il vit appartenait à un vieil homme qui l’a embauché à sa demande pour la taille du bois. Ce dernier lui a demandé d'où il venait. Il lui a alors avoué sortir de prison. L'homme l'a tout de même embauché car il croyait au pardon.
Monsieur Givet, le docteur qui opère Denis, n'a pas trois enfants mais quatre. Ils ne se prénomment pas Marc, Robert et Elisabeth, mais Marc, Yvette, Jean-Paul et le bébé est une fille du nom de Claire.
Quelques noms d’élèves sont mentionnés dans le roman comme Marcelle ou Jeanne mais il n'y a pas Jean, Marianne et Christine. De plus, leur présence est encore moins importante que dans l'animé. Seul Pierre est présent à la fois dans le roman et l'animé. C'est lui qui gagne le concours de fabrication d'objet.